Certaines vaccinations sont incontournables (contre le tétanos, la gripe et la rhinopneumonite ou avortement infectieux). La vaccination du poulain commence bien souvent par un suivi sérieux avant même qu’il ne vienne au monde. 
Le cheval est particulièrement sensible au tétanos et les poulains peuvent l’attraper assez facilement car les occasions de se blesser ne manquent pas, ce qui alors est bien souvent mortel. Une prophylaxie antitétanique sérieuse est la seule arme efficace; il faudrait, pour bien faire, prévoir la vaccination de la jument gravide au dixième mois de gestation de manière à garantir au colostrum une dose d’anticorps suffisante pour protéger le poulain..
Il n’est donc pas nécessaire d’injecter du sérum antitétanique (qui n’est pas un vaccin!) au poulain à sa naissance, ce qui simplifie du même coup la gestion de l’élevage. Le poulain reçoit alors sa première vaccination antitétanique à l’âge de 4 mois. Il est cependant opportun de conserver au réfrigérateur une ou plusieurs doses de sérum antitétanique à utiliser en cas de blessures, surtout si elles sont profondes.
A l’approche de la période des foires mais aussi de la mauvaise saison, il est préférable de protéger ses animaux contre la grippe équine et l’infection respiratoire qui, souvent négligées, peuvent provoquer de fortes fièvres, de graves atteintes à l’appareil respiratoire et aussi des avortements.
Normalement la contagion et la diffusion dans l’élevage survient à la suite de déplacements d’animaux et de contacts avec d’autres animaux provenant d’autres élevages; aussi est-il préférable de vacciner tout l’élevage plutôt que de se limiter aux chevaux qui participent aux foires ou qui sont plus facilement en contact avec l’extérieur.
Le vaccin contre la rinopneumonite (ou avortement infectieux) est encore moins d’usage que les deux précédents, bien que ses conséquences soient lourdes si un animal en est atteint. Ce virus est très répandu et provoque des problèmes respiratoires, surtout chez les poulains, mais provoque aussi des avortements tardifs ou des poulains faibles et fragiles à la naissance. Le calendrier vaccinal prévoit trois injections au cours de la gestation (au 5-7-9 ème mois), tandis que sur les poulains on suit le schéma vaccinal prévu pour la grippe, à partir du 4ème mois.
On notera aussi le botulisme, maladie neurologique chez les jeunes poulains, et parmi les maladies mortelles pour lesquelles il existe un vaccin, l’encéphalomyélite, la rage et la fièvre de cheval.
On trouve dans le commerce des vaccins spécifiques(par exemple contre le tétanos seul) ou combinés (tétanos+grippe), de nouveaux vaccins sont créés fréquemment ; dans tous les cas il convient de toujours se fier à un vétérinaire référent qui, au cas par cas, mettra au point un programme vaccinal et antiparasitaire adapté aux besoins de votre élevage.
